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1. 水域滩涂资源利用和综合开发水平较低
目前，我省淡水水域的养殖开发水平较高，但海水养殖开发仍多局限于风浪相对较小的内湾水域、滩涂，深海水域及多数开阔型海岸的浅海滩涂未能得到有效利用，导致总体布局不合理性十分明显，造成了我省对这些海水养殖处女地的开发利用水平较低。其二是浅海滩涂养殖在各区域内养殖种类单调，养殖模式及管理技术落后，粗放式养殖仍占据较大比例，综合效益低，养殖自身污染较为严重。某些集约式养殖项目虽有所发展，但集约化、自动化程度不高。
2. 近岸生态环境不断恶化
一是随着我省经济的快速发展和人口的增长，工业废水和生活污水的排放量与日俱增，然而环保设施建设滞后，所排放的废水得不到有效处理，造成近岸海域尤其河口区等重要增养殖水域污染加重。二是水产养殖企业自身环保措施薄弱及水域滩涂养殖开发管理不尽完善。有的采用超容量开发，不注重养殖布局和养殖模式的优化，造成明显的自身污染。三是沿岸红树林、大型藻类植物和珊瑚礁等受不同程度的人为开采、围垦、填海而遭受破坏，加剧了近岸生态环境的恶化。
3. 渔业增殖手段落后，水产增养殖生物资源的恢复成效不明显。
20世纪90年代以来，已针对我省近岸渔业资源衰退问题成立多种海洋底栖经济贝类等增殖区及某些重要种质资源保护区，但由于增殖手段落后及管理水平较低，不少增殖对象资源恢复十分缓慢，增殖效果不明显。
4. 水域滩涂资源的综合管理及管理机制仍不完善。
我省海洋综合管理起步较晚，其法规体系不够健全，海洋资源的开发利用缺乏统一规划，各行业、各部门之间用海矛盾突出，造成自然资源浪费。此外，某些沿海地区对浅海滩涂养殖区的规划和管理也缺乏合理性，有的进行过度开发已引起自身养殖环境的恶化。
5. 养殖渔业环境监测及病害防治体系有待健全
目前我省虽已初步建立了海洋与渔业环境监测网络，但监测、监视、预报和救助等保障体系仍不完善，渔业病害防治网络也很落后，因环境污染及病害引起的养殖生物大面积死亡的现象时有发生，已成为养殖生产发展的主要制约因素之一。
三、水产养殖业目前面临的形势、发展潜力及前景展望
(一) 国内外形势变化对水产养殖业的影响
我国加入世贸后的初期阶段，国外水产品对我省市场可能产生一定冲击，并对从事相关品种生产的企业构成不利影响。但随着我省水产品质量保障体系和检测手段的建立健全，这种影响将会逐步减弱。加入世贸后，也给广东水产养殖业提供了新的发展机遇，包括扩大了水产养殖产品进入国际市场的渠道，促进了国外先进技术、先进设备、新品种和资金的引进，以及促进养殖企业管理水平和整体素质的提高。
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